Institut Bergonié
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dÉpartement de PATHOLOGIE MOLECULAIRE

Isabelle Soubeyran
ingénieurs biologistes : Isabelle Hostein, Gaëlle Perot
chercheur : Frédéric Chibon
bio-informaticiens : Carlo Lucchesi, Kevin Tran, Jennifer Chiron

 

 

L'année 2014

L’année 2014 a été marquée par un important changement technologique avec la mise en place en routine des analyses de séquençage nouvelle génération (NGS) sur la plateforme Ion Torrent PGM. Cette technique permet de multiplexer l’analyse de plusieurs gènes et d’établir une « carte d’identité » moléculaire des tumeurs de façon à adapter les traitements. Elle est utilisée pour le diagnostic de mutations d’intérêt théranostique dans les cancers colorectaux et pulmonaires non à petites cellules et non épidermoïdes dans le cadre de la Plateforme Régionale de Génétique Moléculaire des Tumeurs, et pour le screening moléculaire des tumeurs solides en phase avancée potentiellement éligibles à un essai thérapeutique en lien avec l’Unité de Phases Précoces (CLIPP). Le 2ème fait marquant de l’année 2014 a également été une forte implication de l’Unité dans la Recherche Clinique avec :

• Le développement du screening moléculaire dans le cadre du CLIPP et par conséquence une importante augmentation
d’activité. Ce screening fait appel aux techniques de NGS décrites ci-dessus avec un panel de 50 gènes, mais également à des techniques de CGH-array qui permettent de rechercher
des amplifications et des délétions. Des techniques de FISH à la recherche de translocations ou d’amplifications peuvent également être réalisées. Les indications sont discutées en RCP Essais Précoces, RCP à laquelle participent le médecin et l’interne de l’unité, et une attachée de recherche clinique qui coordonne le screening.
• Une participation active au programme AcSé Moléculaire (INCa). Le programme AcSé est destiné à offrir un Accès Sécurisé aux Innovations Thérapeutiques, à des patients en situation de maladie avancée. La première étude a été ouverte avec AcSé Crizotinib suivie d’AcSé Vemurafenib.
• L’unité réalise également les analyses moléculaires de plusieurs essais : SAFIR 02 (UNICANCER) pour les cancers du sein et du poumon, CYCLIGIST et PERNETTA.

Dans le cadre de ces essais, il a été mis en place une structuration des résultats en lien avec l’équipe de bio-informaticiens.
L’unité s’est également fortement impliquée cette année dans la démarche d’Accréditation selon la norme NF EN ISO 15189.
L’unité s’est dotée en fin d’année d’un scanner de lames FISH Pathscan (Excilone).

Les objectifs pour l'année 2015

Les objectifs de l’unité pour 2015 sont :
• La robotisation de la préparation des librairies pour la technique NGS.
• La mise en place du réseau images FISH à partir du scanner de lames.
• Le dépôt d’un dossier d’accréditation avec validation des méthodes FISH HER2 et SSX d’une part et des méthodes de séquençage Sanger KRAS d’autre part.
• La participation à la mise en place du logiciel de gestion du laboratoire « Ariane SX».
• La mise en place des techniques d’analyses sur l’ADN plasmatique en collaboration avec le Dr Julie Dubois de l’Unité de Biologie Médicale.
• La mise en place de la recherche de mutations BRCA1 et 2 sur matériel tumoral dans les cancers de l’ovaire en collaboration avec l’équipe d’Oncogénétique dans le cadre de l’essai Paola.
• L’évaluation de panels RNA-seq « transcrits de fusion sarcomes » sur matériel fixé FFPE.
• Poursuite de l’implication de l’Unité dans la Recherche Clinique et Translationnelle.

Vue complète (chiffres Activité) de l'année en cours (PDF) : cliquer ici

Archives

Vue complète (chiffres Activité) de l'année 2010 (PDF) : cliquer ici
Vue complète (chiffres Activité) de l'année 2009 (PDF) : cliquer ici
Vue complète (chiffres Activité) de l'année 2008 (PDF) : cliquer ici

 

 

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